食用农产品合格证蕴藏着巨大的商业价值和经济价值，对于打造特色品牌、促进产业精准扶贫、推动区域经济发展具有重要作用。带有追溯二维码的农产品合格证更是为农产品溯源提供了有力依据，以二维码为载体，对农产品的生产、加工、仓储、销售、物流等全流程进行质量安全追溯，确保农产品从基地到餐桌各个环节的透明度。让消费者通过扫码获取农事生产的过程和包装的过程，可以使消费者更放心产品。

农产品合格证制度是一项重大制度创新，生产者在自控自检的基础上自主开具合格证，承诺其生产的农产品符合国家强制性标准。通过合格证制度，可以把生产主体管理、种养过程管控、农兽药残留自检、产品带证上市、问题产品溯源各项环节都集成起来，把产地准出、市场准入衔接起来，提升监管效能。