自然农法的过渡有两条途径：一是先以小面积变换为自然农法，二是一下子全面转为自然农法。这要根据各人的具体条件而定。

通常情况下，刚转向自然农法的田块当年产量一般没有多大的的影响，第二年开始表现为减产，第三，第四年减产最严重，第五年恢复，第八、第九年生产力超过有肥田块。逐步增产的原因是田内天敌增加了、土壤变肥、栽培水平提高。要研究如何缩短减产期，如何降低减收率，只有如此，才能保证新增的自然农法实践者少受挫折。因此，自然农法不是放任农法，而是高度利用生物系统的农法，要确立稳产高产的适应当地条件的配套技术。

小面积转向自然农法生产，首先是供自己食用自然稻米，逐步过渡到商品生产。这种维护人类身体健康的安全食品，并不是为了谋取高额利润，而是因为其生产费用较高，必然要高价销售。这是按价值销售。

转作田不少用来种蔬菜，以露地栽培为主。小规模经营的特点是品种花样多，个人或集体上市销售。价格由生产成本决定，也有的是与消费者按合同，一般自然蔬菜售价高于市场20%~30%。

自然农法栽培蔬菜，在每亩投入1.5~2t堆肥基础上，添加米糠除了快速腐熟外，还增加了蔬菜的风味。有的农户将腐熟的堆肥翻埋入土，也有的农户在地表覆盖未完熟的堆肥或直接覆盖秸秆。作为轮作方式，有的种豆类作物，有的每隔三年种一次小麦。瘠薄地可种芦粟。自然农法菜田病虫少，但是，一旦发生，不用农药的损失是很大的。日本关西创造白菜—菠菜，秋葵—胡萝卜配组种植法，利用其共生关系，可有效地预防病虫为害。

北海道主要是旱作小麦，自然农法田块轮作绿肥。其方法是播种三年小麦，间作一年牧草，或者采用三叶草与小麦混播，轮作马铃薯、春豌豆，也有用菜籽饼肥田。

日本多利用坡地栽培果树和茶树。自然柑橘园内投入大量的堆肥和覆盖草，可提高生产率，取得与化学农法无明显差异的产量。堆肥原料广泛，全部以铺盖方式覆盖在土壤上。由于不用农药，数年后，天敌增生、土壤改良，不必担心病虫危害。也有的是喷撒植物性安全农药除虫菊乳剂等。园地上栽豆类作物培肥土壤的也很多。

苹果园内完全不用农药是困难的。对策多采用低毒农药和有袋栽培，与邻近用药达13次之多的相比，自然农法只用3次，产量相仿，每亩约1.3t。套袋苹果有利于防虫，而且着色好，但是口味差。自然农法生产的苹果风味佳，久存也不变味。以山草和秸秆、旧草垫为主，混入鱼滓、油滓，制成堆肥，撒入地面。

葡萄完全不用农药也很难。有人用石灰波尔多液搞一两次，但特级品种巨峰等完全无农药栽培。除了用堆肥作肥料外，也播种三叶草绿肥。

梅和李是各品种混植，同时草生栽培三叶草。园内瓢虫很多，有效地控制了蚜虫为害。

茶的栽培与果树一样，最重要的是园内要覆盖秸秆，也利用各种材料制作堆肥。总体来看，产量低于化学农法30%左右，主要原因是病虫为害。有的农户大量投入堆肥，取得与有肥相同的产量。一般农户都自产自加工，搞成粗茶售给MOA商事。

化肥生产的花卉球根易腐烂或连结分不开，而自然农法生产的花时长、色泽鲜艳。花卉自然栽培的必须条件是要使用发酵2~3年的充分腐熟堆肥。

自然农法养鸡所产的蛋保存期长、蛋清黏度好、蛋黄丰满、蛋壳硬、蛋色一般是红的。为生产出这些自然蛋，必要条件是：平地饲养(小屋或放养)；开放，接受空气和阳光，能够充分运动；饲料中无化学合成添加剂，以自家配合料为主，也不用抗生物质和药品；大量供给含有天然维生素、矿物质的自然蔬菜和清洁蔬菜。每10~15只母鸡配1只公鸡。作为药物，可用食醋、辣椒、大蒜、乳酸等安全药物，混入饵料和水中。平地饲养的床面上铺上树皮和草，以提高脱臭效果。配合饲料比例是玉米60%、鱼滓和油滓20%、米糠麦麸20%。平饲情况下，鸡的淘汰和更新困难，可根据饲养年数(一年或一年半)采取群体淘汰法。